Trong thời gian quay phim điện ảnh Noah, Emma đã trả lời khi được hỏi về đức tin của mình và đã trả lời rằng mình là người theo thuyết phổ độ tinh thần.[30]

Emma từng hẹn hò với Will Adamowicz, người bạn cùng Đại học Oxford năm 2011 trong năm đầu học tại đây.[31] Cả hai từng sánh vai tới lễ trao giải 2013 MTV Movie Awards và Emma đã nhận được giải Trailblazer Award.[32] Cặp đôi chia tay vào đầu năm 2014.[33] Cuối năm 2014, Emma bắt đầu hẹn hò với cầu thủ bóng chày Oxford là Matthew Janney.[34] Mối quan hệ đã chấm dứt trong tháng 11 cùng năm do lịch làm việc quá bận rộn của Emma.[35]

Emma Watson gặp gỡ William Mack Knight, một doanh nhân công nghệ từ cuối năm 2015, chỉ vài tháng sau khi chia tay Matthew Janney. Cặp đôi bị bắt gặp hẹn hò khi đến xem một buổi diễn tại sân khấu nhạc kịch Broadway vào tháng 10 năm 2015. Theo chia sẻ từ bà Katherine với tờ The Mirror, mẹ của William cho biết anh đã đưa bạn gái Emma về ra mắt bố mẹ và mối quan hệ tiến triển một cách nghiêm túc.[36]